Elizabeth, regina d'Inghilterra, sempre più consapevole dei cambiamenti politici e religiosi dell'Europa della fine del 1500, è costretta a fronteggiare gli attacchi del re Filippo II di Spagna, intenzionato a riportare il Cattolicesimo in Inghilterra.
Intanto la sovrana si innamora di Sir Walter Raleigh, un affascinante navigatore, ma il suo impegno con la nazione le impedisce di portare avanti relazioni sentimentali. Pur di tenersi l'uomo accanto a sé, Elizabeth convince la sua dama di compagnia, Bess Throckmorton, a frequentare Raleigh, dal quale sarà messa incinta.
Nel frattempo il suo consigliere, Sir Francis Walsingham, si ritrova a dover sventare una congiura che vede tra gli organizzatori anche la cugina di Elizabeth, Mary Stuart, la regina di Scozia. Quest'ultima ingannata da Filippo II, organizza un attentato alla regina che viene fortuitamente sventato. Sebbene a malincuore, Elizabeth, decide allora di firmare la condanna a morte di Mary, che viene decapitata.
Filippo II, ottiene quel che vuole: una scusa plausibile per un'invasione dell'Inghilterra, azione mascherata come rivendicazione per la morte di una regina consacrata da Dio. Fa costruire nel giro di un anno una imponente e micidiale flotta, l'Invincibile Armata, che fa vela alla volta dell'Inghilterra. La strategia vincente di Raleigh e di Sir Francis Drake, uniti al coraggio di Elizabeth, che si presenta sul campo di battaglia sulle rive della Manica armata ed arringante le truppe, ed infine un temporale causeranno il disastro della flotta spagnola.
Poco dopo la distruzione della flotta spagnola, Sir Walsingham muore mentre Walter Raleigh diviene padre.
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